Implementación de una estrategia molecular multinivelal integral para la identificación de alteraciones genéticas en tumores sólidos pediátricos orientada a lograr un abordaje personalizado del paciente

Antecedentes: En Argentina, los tumores sólidos del sistema nervioso central (SNC) (19%) y los tumores sólidos no pertenecientes al SNC (25%) representan el 44% de los tumores pediátricos. La nueva clasificación de la Organización Mundial de la Salud (OMS) de 2016, que incorpora la caracterización genómica, comprende más de 100 entidades y subclases de tumores del SNC. En la población pediátrica, los tumores de linaje glial (gliomas) son los más frecuentes e incluyen astrocitomas, ependimomas y oligodendrogliomas, mientras que los tumores embrionarios del SNC constituyen un grupo heterogéneo de tumores de grado IV de la OMS. Los tumores de partes blandas (TPB) pediátricos presentan dificultades para el diagnóstico preciso, ya que sus características morfológicas e inmunofenotípicas se superponen entre los distintos patrones histológicos. La aparición de nuevas técnicas moleculares ha generado un gran avance en el campo de los tumores sólidos, particularmente en la definición molecular de grupos de pacientes. Este hecho hace factible un tratamiento personalizado, de acuerdo con la biología del tumor. En particular, en la población pediátrica, la identificación de dianas terapéuticas es especialmente importante, ya que puede evitar secuelas innecesarias en un niño en crecimiento. Este proyecto permite la articulación entre grupos de investigación básica y clínica, consolidando así el objetivo de la investigación traslacional básica y generando conocimiento tanto clínico como básico sobre la patogénesis de los tumores sólidos pediátricos en nuestro país. Objetivo: Estandarizar e implementar una estrategia molecular multinivelal integral, utilizando técnicas de mediana y alta complejidad, para la detección de alteraciones moleculares en tumores sólidos pediátricos primarios (neuroblastoma, rabdomiosarcoma, tumores de la familia del sarcoma de Ewing, sarcomas de partes blandas y tumores del SNC [gliomas y embrionarios]), que puedan aplicarse al diagnóstico, pronóstico y/o uso de terapias dirigidas contra dianas moleculares, con el fin de ofrecer una oportunidad terapéutica personalizada. Material y métodos: Los casos pediátricos de tumores sólidos serán incorporados de manera prospectiva. Según las estadísticas de los centros participantes, se incluirán 100 muestras. De cada caso se dispondrá de una biopsia fijada en formalina y, cuando sea posible, se preservará también un fragmento a -70 °C. Los datos clínicos y de seguimiento se obtendrán de las historias clínicas. Los enfoques metodológicos incluyen: 1) Detección inmunohistoquímica de marcadores determinantes del linaje tumoral, algunos con valor predictivo. 2) FISH (hibridación fluorescente in situ) con estrategia de rotura de señal (break-apart) para genes involucrados en translocaciones cromosómicas recurrentes y sondas de diseño específico de locus para otras alteraciones estructurales cromosómicas no balanceadas (amplificaciones y deleciones de genes o segmentos cromosómicos). 3) Detección por reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (RT-PCR) de transcritos de fusión resultantes de translocaciones cromosómicas. 4) Reacción en cadena de la polimerasa cuantitativa (qPCR) y análisis de secuenciación por el método de Sanger de polimorfismos de nucleótido único (SNPs) como dianas terapéuticas. 5) Análisis de secuenciación por el método de Sanger de fusiones, inserciones/deleciones como complemento del RT-PCR o FISH, 6) Secuenciación de nueva generación (NGS) con un panel específico y personalizado que contiene todos los genes necesarios para definir el perfil de mutaciones genómicas de un tumor para el diagnóstico, la estratificación de riesgo y el pronóstico de los tumores pediátricos. Sin embargo, la secuenciación por NGS solo se aplicará en aquellos casos que no pudieron resolverse con las estrategias previas o en casos con mala evolución. Basándose en los análisis anteriores, se desarrollará un algoritmo de análisis integrado según las recomendaciones de la OMS, pero adaptado a las facilidades de la institución. Los hallazgos moleculares se correlacionarán con los datos clínicos e histológicos.