El estudio del genoma humano sentó las bases para la búsqueda de un gran número de alteraciones moleculares relacionadas con diferentes enfermedades. La medicina de precisión permite conocer alteraciones moleculares que pueden ser detectadas y orientadas con fines terapéuticos. Existe escasa información en Argentina sobre la incidencia y frecuencias de alteraciones moleculares asociadas a los tumores más frecuentes. Mediante la selección de un panel de genes y el análisis de la información genética obtenida, es posible clasificar los tumores desde una perspectiva terapéutica. Por otro lado, mediante el mismo panel, se identifican marcadores de resistencia a fármacos que permiten incorporar terapias de retratamiento. Junto con el panel propuesto, se evaluará la ancestría de los pacientes para determinar si las frecuencias de alteraciones moleculares varían entre los distintos orígenes étnicos del país.
Desarrollo de la plataforma: se realizará un estudio de validación de un nuevo panel genético de 52 genes en biopsias tisulares de sujetos adultos con los tumores sólidos más prevalentes en Argentina. En una primera fase, se procesarán 200 muestras retrospectivas de distintos tumores y matrices (por ejemplo, tejido en parafina, biopsia por punción con aguja fina y tumor fresco) para validar analíticamente el panel propuesto. Se realizarán pruebas de reproducibilidad, repetibilidad y determinación del límite de detección para cada uno de los 52 marcadores estudiados. La selección de los tipos tumorales se basará en la frecuencia observada en la población del Hospital Italiano de Buenos Aires (HIBA), corroborada con los datos de la Agencia Internacional para la Investigación del Cáncer (IARC-OMS). La distribución de muestras de tumores (T) será: 15% T digestivo (colon), 15% T de mama, 15% T de piel (melanoma y carcinoma basocelular), 15% T de pulmón, 10% T de próstata, 6% T de tiroides, 6% T de ovario, 6% T de vejiga/riñón y 12% T raros (sistema nervioso central, musculoesquelético, cabeza y cuello, entre otros). En una segunda fase, una vez ajustado y validado analíticamente, el panel estará disponible para el médico tratante, quien podrá solicitarlo con el consentimiento informado previo del sujeto. Las biopsias tumorales, tanto retrospectivas como prospectivas, son recibidas y procesadas en el Servicio de Anatomía Patológica del HIBA mediante métodos estandarizados que comprenden la inclusión en parafina (bloque de parafina) y la extracción de material genómico celular (ADN celular total —nuclear y mitocondrial— y ARN) mediante el corte de chips de 10 micrones de espesor. Dicho material en parafina será procesado, en su totalidad, con kits comerciales de extracción de ácidos nucleicos utilizando columnas Qiagen o equivalentes. Estudio del panel de genes mediante el método de secuenciación masiva propuesto: se utilizarán las plataformas S5 e Ion Torrent de Thermo Fisher. El flujo de trabajo comprende la amplificación de regiones específicas y la generación de bibliotecas, para luego realizar una PCR (reacción en cadena de la polimerasa) en emulsión. Tras una etapa de enriquecimiento por PCR en emulsión, se realiza la secuenciación en chips de capacidad variable, según la cantidad de datos que se desee obtener. Para el proyecto, se planea procesar 32 muestras en paralelo con un chip Ion 540. Para cumplir con los estándares internacionales, se llevará a cabo una fase de validación del panel de genes según las pautas publicadas recientemente por el Colegio Americano de Patólogos y la Asociación Americana de Genética: "Guidelines for Validation of Next Generation Sequencing based on Oncology Panel. A Joint Consensus Recommendation of the Association for Molecular Pathology and College of American Pathologist", publicadas en marzo de 2017. El panel Oncomine Focus Assay es un análisis multimarcador que se realiza en equipos de secuenciación masiva (S5) y evalúa 52 genes asociados al tratamiento de tumores sólidos para los cuales existe evidencia científica de su utilidad diagnóstica, pronóstica y/o predictiva de respuesta terapéutica. El sistema analiza ADN y ARN extraídos de la pieza tumoral —biopsia— o de sangre. El catálogo de alteraciones detectables incluye 35 genes de puntos calientes, 19 variaciones en el número de copias (CNVs) y 23 fusiones génicas.
Ciudad Autónoma de Buenos Aires, Buenos Aires, Argentina